Les collections du Musée sont composées de pièces significatives des Guerres Carlistes : objets militaires et personnels de Tomás Zumalacárregui et sa famille ; des armes et des uniformes d'époque ; de la numismatique et de la pré-philatélie ; des fonds documentaires de grande valeur, des rapports, des proclamations, des lettres sur divers sujets ; des journaux de presse ; des huiles, des aquarelles, des gravures et autres supports iconographiques ; des fonds bibliographiques, des œuvres biographiques, scientifiques et des généralités des XVIIIe, XIXe et XXe siècles ; des fonds cartographiques, des plans, des cartes et des atlas.