Las colecciones del Museo están formadas por piezas significativas de las Guerras Carlistas: objetos militares y personales de Tomás Zumalacárregui y su familia; armas y uniformes de época; numismática y prefilatelia; fondos documentales de gran valor, informes, proclamas, epistolarios de tema variado; prensa; óleos, acuarelas, grabados y otros soportes iconográficos; fondos bibliográficos, obras biográficas, científicas y generalidades de los siglos XVIII, XIX y XX; fondos cartográficos, planos, mapas y atlas.