Nació en Lorca (Murcia) en 1783. Inició su carrera militar, como tantos otros, en la francesada, tras la cual fue a Perú a luchar contra los independentistas americanos. En 1813 fue enviado a Chile, emancipado desde 1810, conquistando Santiago en 1814, lo que motivó su ascenso a Brigadier. Continuó en América dirigiendo la lucha contra su emancipación, fracasando en la batalla de Chacabuco, lo que llevó a la independencia de Chile en 1817 y en la de Ayacucho, en 1824, que supuso el fin de la dominación española en el continente americano.
Maroto volvió a España y fue encargado de organizar las milicias realistas en Asturias y Toledo. Su ideología conservadora le acercó al infante Don Carlos, al que acompañó en su exilio portugués y posteriormente a Londres. No obstante, no se incorporó al ejército carlista hasta 1835. En agosto de 1836 fue nombrado comandante general de Cataluña, puesto que abandonó a los dos meses tras una mala campaña. Fue detenido en Francia al tratar de incorporarse al frente del norte y confinado en Tours. Escapó a Burdeos desde donde ofreció su incorporación al cuartel real al ministro Erro, pero éste le contestó que debía mantenerse en el extranjero hasta que se resolviera el expediente abierto por su conducta en Cataluña.
En mayo de 1838 Don Carlos llama a Maroto para que se hiciera cargo del ejército carlista en un momento de crisis y divisiones entre sus generales.
Fusilamientos de Estella. (Detalle)En tres meses reorganizó las tropas carlistas y las puso en disposición de volver a enfrentarse al ejército liberal. Pero ya era demasiado tarde para encauzar la guerra. El cansancio era evidente entre las tropas y los habitantes del principal escenario del conflicto, los vascos. Desde el principio de 1839 Maroto inició sus contactos con los generales liberales, para tratar de conseguir un acuerdo que pusiera fin a la guerra. La división en el ejército carlista entre los partidarios del pacto y los defensores de continuar la guerra a toda costa se hizo patente cuando Maroto mandó fusilar en Estella a cuatro generales en febrero.
Don Carlos publicó un bando destituyendo a Maroto y declarándolo traidor, pero éste era dueño de la situación, contaba con el apoyo de la mayoría de las tropas carlistas y el pretendiente tuvo que retractarse y volver a reconocerlo como jefe de su ejército. Maroto expulsó a sus enemigos del cuartel real e inició conversaciones con Lord John Hay, responsable de la marina británica en el Cantábrico, para que mediase en su negociación con los generales liberales.
Abrazo de Vergara (Detalle)Este proceso culminó con el Convenio de Bergara, en el que se puso fin a la guerra en el frente norte tras el acuerdo con Espartero por el que los carlistas dejaban las armas a cambio del respeto a los Fueros. El 31 de agosto se entregaron en Bergara 5 batallones castellanos, tres guipuzcoanos y ocho vizcaínos, teniendo que huir Don Carlos al exilio con sus últimos incondicionales. La guerra se prolongó un año más en Cataluña y el Maestrazgo porque Cabrera no aceptó el Convenio, pero sin ninguna posibilidad de triunfo carlista.
Rafael Maroto se convirtió en paradigma de traidor para la causa carlista, a pesar de haber logrado poner fin a una guerra que se prolongó durante siete años, siguiendo los deseos de la mayoría de sus tropas y de la población del País Vasco. En 1847 volvió a Chile donde murió en 1853.