Tras el fallecimiento de Zumalacárregui y el primer sitio de Bilbao, liberales y carlistas volvieron a librar sus batallas en Navarra bajo las órdenes de nuevos líderes al mando: González Moreno en el caso carlista y Fernández de Córdoba en el caso liberal. En la batalla de Mendigorria se enfrentaron 24.000 carlistas (casi toda la armada de Don Carlos) y 36.000 liberales. En las guerras carlistas no se libró otra batalla como ésta. Las tropas de Moreno se encontraban apostadas en los alrededores de Mendigorria cuando las de Córdoba atacaron por las rutas de Larraga y Artajona. Era el 16 de julio de 1836.
El propio Don Carlos se encontraba en Mendigorria. Su huida resultó complicada, puesto que los carlistas tenían el río Arga en la retaguardia y únicamente contaban con el puente de Larraga para la retirada. El ataque liberal comenzó por el flanco izquierdo bajo las órdenes de Espartero. El ataque central estuvo liderado por Fernández de Córdoba. Aunque la defensa carlista fue muy fuerte, las tropas tuvieron que emprender una retirada llena de confusión.
La retirada del Pretendiente al trono y de la mayoría de las tropas carlistas fue posible gracias a la impecable defensa del puente que realizó el brigadier carlista alavés Villarreal. No obstante, los carlistas perdieron 1.500 hombres entre muertos, heridos y presos. Los liberales, por su parte, sufrieron la pérdida de 1.000 soldados. En definitiva, el ejército liberal no logró aprovechar la oportunidad que esta batalla le brindaba de diezmar el ejército carlista y apresar a Don Carlos.